Khoa y học cổ truyền (Khoa Đông y - Vật lý trị liệu) có từ thời kỳ thành lập Bệnh viện A. Khoa hiện có 18 cán bộ, nhân viên, bao gồm 1 thạc sĩ, 1 bác sĩ CKI, 2 bác sĩ đa khoa, 1 bác sĩ y học cổ truyền, 1 cử nhân điều dưỡng, 1 cao đẳng điều dưỡng và 11 điều dưỡng trung học.

Chức năng, nhiệm vụ của khoa: Thực hiện việc chăm sóc bảo vệ sức khỏe nhân dân, là cầu nối giữa y học cổ truyền và y học hiện đại. Khoa Đông y - Vật lý trị liệu có cơ sở hạ tầng khang trang sạch sẽ, đầy đủ các phòng chức năng: Phòng thủ thuật, phòng tập, phòng vật lý trị liệu, khu điều trị nội trú, bộ phận sắc thuốc… Cùng với đó, khoa được trang bị nhiều máy móc thiết bị hiện đại: Máy điều trị laser nội mạch, máy kéo dãn, máy điện xung, máy massage toàn thân…

Về năng lực kỹ thuật, khoa triển khai được nhiều kỹ thuật hiện đại, chuyên môn sâu, cải thiện chất lượng khám chữa bệnh. Điển hình nhất là kỹ thuật tiêm thuốc ngoài màng cứng trong điều trị bệnh lý thoái hóa cột sống và thoát vị đĩa đệm vùng thắt lưng. Định hướng trong tương lai, khoa Đông y - Vật lý trị liệu chú trọng phát triển kỹ thuật tiêm thuốc ngoài màng cứng, tiêm thuốc nội khớp, điều trị các trường hợp thấp khớp mãn tính...