Ra đời từ  năm 1972 với tên gọi khoa Lây, từ năm 2005 được đổi thành tên khoa Truyền nhiễm đến nay. Hiện khoa có tổng số 14 cán bộ, nhân viên với 4 bác sĩ, 9 điều dưỡng và 1 hộ lý.
Khoa có chức năng nhiệm vụ: Khám chữa bệnh cho bệnh nhân mắc các bệnh truyền nhiễm trên địa bàn tỉnh và các vùng lân cận; tham gia công tác phòng chống dịch bệnh trong ngành y tế cũng như địa phương; tham gia đào tạo, hướng dẫn học sinh, sinh viên các trường đại học, cao đẳng thực tập tại khoa; tham gia nghiên cứu khoa học và đào tạo nâng cao trình độ nhân lực.
Khoa truyền nhiễm có cơ sở vật chất khang trang, sạch sẽ. Với các phòng cách ly đủ tiêu chuẩn trong phòng, chống dịch bệnh; hệ thống máy thở cấp cứu bệnh nhân nặng.  Hiện nay, khoa thực hiện điều trị các bệnh truyền nhiễm cho bệnh nhân; tư vấn và điều trị theo phác đồ cho bệnh nhân HIV; tuyên truyền phòng chống, cách ly dịch bệnh một cách nhanh chóng và kịp thời; thực hiện các kỹ thuật chọc dò tủy sống, chọc dò màng bụng… Trong thời gian tới khoa sẽ triển khai, điều trị viêm gan virus mạn bằng thuốc kháng virus.

Trưởng Khoa Truyền nhiễm: Nông Văn Huy